Försökte installera gromacs 5.1.1 via homebrew, alla kommandon hittas inte

1. Hur installerar jag den senaste versionen av Gromacs?
2. Hur laddar jag ner och installerar Gromacs?
3. Hur installerar jag Gromacs på Windows 10?
4. Hur kör jag Gromacs i Linux?
5. Vad är den senaste versionen av Gromacs?
6. Hur kontrollerar jag Gromacs-versionen?
7. Hur installerar jag Gromacs?
8. Hur laddar jag ner och installerar Cmake?
9. Hur installerar jag Gromacs med GPU-stöd?
10. Hur laddar jag ner Gromacs i Linux?
11. Hur använder du Gromacs?
12. Hur avinstallerar du Gromacs Linux?

Hur installerar jag den senaste versionen av Gromacs?

Alternativt kan du ladda ner och packa upp GROMACS-regressionstestpaketet https: // ftp.gromacs.org / regressionstests / regressionstests-2021.2.tjära.gz tarball själv och använd det avancerade cmake-alternativet REGRESSIONTEST_PATH för att ange sökvägen till den uppackade tarballen, som sedan kommer att användas för testning.

Hur laddar jag ner och installerar Gromacs?

Alternativt kan du ladda ner och packa upp GROMACS regressionstestpaket http: // gerrit.gromacs.org / download / regressionstests-2020.tjära.gz tarball själv och använd det avancerade cmake-alternativet REGRESSIONTEST_PATH för att ange sökvägen till den uppackade tarballen, som sedan kommer att användas för testning.

Hur installerar jag Gromacs på Windows 10?

Procedur

1. Ladda ner GROMACS-källkoden och packa upp någonstans.
2. Kör CMake GUI.
3. Ställ in källkodskatalogen i "Var är källkoden" ...
4. Ställ in en annan plats för att placera den inbyggda GROMACS i "Where to build the binaries" ...
5. Klicka på Konfigurera. ...
6. Konfigurationen stoppas eftersom den inte kan hitta FFTW.

Hur kör jag Gromacs i Linux?

Kör inmatningsfil (.

Nästa steg är att kombinera molekylstrukturen (gro-fil), topologi (toppfil) MD-parametrar (mdp-fil) och (valfritt) indexfilen (ndx) för att generera en köringångsfil (tpr-tillägg). Den här filen innehåller all information som behövs för att starta en simulering med GROMACS.

Vad är den senaste versionen av Gromacs?

GROMACS

Hur kontrollerar jag Gromacs-versionen?

Skriv bara "pdb2gmx" i terminalen så får du veta all nödvändig information.

Hur installerar jag Gromacs?

Alternativt kan du ladda ner och packa upp GROMACS regressionstestpaketet http: // gerrit.gromacs.org / download / regressionstests-5.1.4.tjära.gz tarball själv och använd det avancerade cmake-alternativet REGRESSIONTEST_PATH för att ange sökvägen till den uppackade tarballen, som sedan kommer att användas för testning.

Hur laddar jag ner och installerar Cmake?

II- Installera CMake

Ladda ner Windows (WIN32-installationsprogrammet). Du får en fil som heter cmake-version-win32-x86.exe. Kör det och följ installationsprocessen. Var noga med att välja Lägg till CMake till alternativet System PATH.

Hur installerar jag Gromacs med GPU-stöd?

Hämtar CUDA-verktygslåda

Välj nu den senaste versionen av CUDA-verktygssatsen enligt ditt system härifrån. Ladda ner den lokala körfilen med följande kommando. Körfilen innehåller alla viktiga komponenter som ska installeras. Byt till katalogen där du vill ladda ner installationsprogrammet.

Hur laddar jag ner Gromacs i Linux?

1. Komma igång. Om du har nyligen installerat Ubuntu, glöm inte att uppdatera din förvaringsinformation och programvarupaket i ditt system. ...
2. Installation. Det första steget i installationen av Gromacs är att få cmake. I terminalen skriver du: sudo apt-get install cmake. ...
3. Enkel metod. ...
4. Regelbunden installation.

Hur använder du Gromacs?

GROMACS initiala installationsverktyg använder PDB-ingången för att skapa tre filer som krävs för MD-simulering.
...
Uppstart

1. skapa en 'topologifil'.
2. konvertera en PDB-proteinstruktur till en GRO-fil, med strukturen centrerad i en simuleringsruta (enhetscell)
3. skapa en positionsbegränsningsfil.

Hur avinstallerar du Gromacs Linux?

För att avinstallera detta paket kan du enkelt använda kommandot apt och ta bort paketet från Linux operativsystem. Detta tar bort gromacs och alla dess beroende paket som inte längre behövs i systemet. Ovan kommandot tar bort alla konfigurationsfiler och data som är associerade med gromacs-paketet.